Cấu trúc của protein phụ thuộc vào cấu trúc cấp độ cao của chúng, bao gồm cấu trúc cấp độ phân tử, cấu trúc cấp độ siêu phân tử và cấu trúc cấp độ siêu siêu phân tử. Sự đa dạng trong cấu trúc của protein được xác định bởi sự khác biệt trong chuỗi amino acid, cấu trúc phụ và cấu trúc bậc cao của protein. Do đó, mặc dù nhiều cấu trúc trong cơ thể đều được cấu tạo bởi protein, nhưng chúng có thể có tính chất khác nhau do sự đa dạng trong cấu trúc của protein.