– Truyện ngắn:

+ Trại bảy chú lùn (Xuất bản năm 1987)

+ Khắc dấu mạn thuyền

+ “Bội phản” trong tập “Văn Mới”

+ Bí ẩn của làn nước

– Tiểu thuyết :Nỗi buồn chiến tranh (1991, in lần đầu năm 1987 lấy tên là thân phận của tình yêu)
Ông đã đạt: 

Giải thưởng Hội Nhà văn Việt Nam với tác phẩm Thân phận của tình yêu

– Giải thưởng văn học Sim Hun của Hàn Quốc năm 2016
Phong cách sáng tác: 
Giai điệu trong các sáng tác của Bảo Ninh đều trầm bổng, tựa như một giai điệu lịch sử thấm đẫm nổi buồn, truyện ngắn Bí ẩn của làn nước vẽ lên kết hợp với khúc ca có giai điệu đau thương của quá khứ đã làm bật lên giai điệu chỉ có của Bảo Ninh.hình ảnh sống động tựa như một thước phim, hay giai điệu u sầu phảng phất như một bản nhạc buồn, mỗi câu chuyện trong tác phẩm của nhà văn Bảo Ninh đều đem lại dấu ấn, khắc sâu trong lòng người đọc, kể cả khi chỉ mới lần đầu được đọc, được thẩm và ngẫm bởi một vẻ đẹp độc lạ, cất chứa tất cả nỗi sầu đau đầy chân thực.