Đột biến cấu trúc NST là những biến đổi trong cấu trúc NST. Các dạng đột biến cấu trúc NST:

     - Mất đoạn: một đoạn của NST bị đứt hai đầu và không nối lại được, làm độ dài của NST giảm đi so với ban đầu.

     - Lặp đoạn: một hoặc nhiều đoạn của NST bị lặp lại trên NST, làm độ dài của NST tăng lên so với ban đầu.

     - Đảo đoạn: một đoạn của NST bị đứt ra rồi nối lại nhưng lại xoay ngược 180o.

     - Chuyển đoạn: trường hợp chuyển đoạn tương hỗ là loại đột biến trong đó hai NST không tương đồng trao đổi đoạn NST cho nhau.