Sở dĩ cơ quan thoái hoá hay được sử dụng như bằng chứng nói lên mối quan hệ họ hàng giữa các loài vì cơ quan thoái hoá không có chức năng hoặc chức năng bị tiêu giảm nên không được CLTN giữ lại. Chúng được giữ lại ở các loài (như dấu vết hay các cơ quan không có chức năng), đơn giản là được thừa hưởng các gen từ loài tổ tiên.