Người ta thường dùng các tiêu chuẩn hoá sinh, hình thái khuẩn lạc để phân biệt các loài vi khuẩn, vì các loài vi khuẩn không sinh sản bằng hình thức sinh sản hữu tính nên không thể dùng tiêu chuẩn cách li sinh sản để phân biệt loài.