Protein phức tạp là loại protein được tạo thành từ protein đơn giản cộng với thành phần "phi protein" nữa, thí dụ như nucleoprotein chứa axit nucleic, lipoprotein chứa chất béo, ...

Axit nucleic là protein của axit photphoric và pentozơ (monosaccarit có 5C, mỗi pentozơ lại liên kết với một bazơ nitơ (đó là các hợp chất dị vòng chứa nitơ được kí hiệu là A, X, G, T, U).