- Sau Hiệp ước Nhâm Tuất, triều đình tập trung lực lượng đàn áp các cuộc khởi nghĩa nông dân ở Bắc Kì và Trung Kì; ngăn cản phong trào kháng chiến của nhân dân Nam Kì. Lợi dụng sự bạc nhược của triều đình nhà Nguyễn, năm 1867, thực dân Pháp chiếm 3 tỉnh miền Tây Nam Kì (Vĩnh Long, An Giang, Hà Tiên)

- Đối lập với thái độ của triều đình nhà Nguyễn, phong trào kháng chiến chống Pháp của nhân dân các tỉnh Nam Kì vẫn tiếp diễn ngày càng mạnh mẽ, dưới nhiều hình thức. Tiêu biểu là:

+ Nguyễn Trung Trực lãnh đạo nghĩa quân từ căn cứ Hòn Chông vượt biển tập kích giặc tại đồn Kiên Giang.

+ Trương Định đã lãnh đạo nghĩa quân lập căn cứ Gò Công, Tân Phước. Sau khi Trương Định qua đời, con trai ông là Trương Quyền tiếp tục đưa quân lên Tây Ninh lập căn cứ, chiến đấu.

+ Một số nhà nho như Nguyễn Đình Chiểu, Phan Văn Trị,... đã dùng thơ văn lên án tội ác của giặc và chế giễu bọn tay sai bán nước, ca ngợi gương chiến đấu hi sinh của nghĩa quân.

+ Ở miền Đông, phong trào kháng chiến tiếp tục bùng nổ trở lại. Nguyễn Hữu Huân bị bắt đi đày, sau khi được thả về lại tiếp tục đứng lên chống Pháp.