Nhờ cơ chế điều hòa biểu hiện gene, tế bào gốc có thể trở thành các loại tế bào khác nhau trong cơ thể: Nhờ cơ chế điều hòa biểu hiện gene, các tế bào khác nhau có thể đóng, mở các nhóm gene khác nhau. Do đó, các tế bào trong một cơ thể tuy có hệ gene giống nhau nhưng mỗi tế bào chỉ tổng hợp được các protein đăc trưng quy định cấu trúc và chức năng cho từng loại tế bào. Kết quả là mỗi tế bào đi vào con đường biệt hóa đặc trưng hình thành nên các mô, cơ quan và hệ cơ quan chuyên hóa, cuối cùng hình thành cơ thể hoàn chỉnh.