Trong xử lí ô nhiễm môi trường, việc sử dụng enzyme là “công nghệ cuối đường ống” vì enzyme được xem là nhân tố quan trọng trong việc xử lí ô nhiễm môi trường giai đoạn sau cùng khi chỉ còn những rác thải cứng đầu: Để xử lí ô nhiễm môi trường, người ta có thể kết hợp nhiều phương pháp vật lí, hóa học và sinh học khác nhau. Sử dụng enzyme có thể kết tủa hoặc chuyển các chất gây ô nhiễm thành dạng khác giúp loại bỏ các các chất gây ô nhiễm mà các phương pháp vật lí và hóa học khác không xử lí được. Đồng thời, sử dụng enzyme có thể làm thay đổi các đặc tính của chất thải, đưa chúng về dạng dễ xử lí hoặc chuyển thành các sản phẩm có giá trị hơn mà không gây những biến đổi bất thường, không phá vỡ cân bằng sinh thái,…