Cơ sở hạ tầng của đơn vị nuôi thuỷ sản theo tiêu chuẩn của VietGAP phải đảm bảo các yêu cầu sau:

- Bờ ao được xây dựng bằng các vật liệu:

+ Không gây ô nhiễm môi trường

+ Không gây độc hại cho thuỷ sản nuôi

+ Không rò rỉ nước.

- Hệ thống nước cấp, nước thải riêng biệt.

- Có nơi chứa và xử lí nước thải, bùn thải từ ao nuôi.

- Có nơi chứa và xử lí nước thải, chất thải sinh hoạt nếu có người lao động ở tại cơ sở nuôi.

- Khu vực chứa rác thải nguy hại riêng biệt với nơi chứa, xử lí thuỷ sản chết; tách biệt với khu nuôi trồng và không làm ảnh hưởng đến môi trường.

- Khu vực chứa vật tư đầu vào theo đúng hướng dẫn của nhà sản xuất, đảm bảo không có sự xâm nhập của địch hại và tránh nhầm lẫn khi sử dụng.

- Có sơ đồ chỉ dẫn khu nuôi thuỷ sản phù hợp với thực tế và có biển báo cho từng khu vực

- Có các biện pháp đảm bảo ngăn ngừa địch hại và các vật nuôi khác (chó, mèo, vịt, gà,...) xâm nhập vào cơ sở nuôi.