Phần mềm nguồn mở không thể thay thế hoàn toàn được phần mềm thương mại. Vì mỗi phần mềm nguồn mở đáp ứng nhu cầu chung của nhiều người, trong khi đó những nhu cầu riêng, nâng cao, vốn phong phú hơn rất nhiều so với những nhu cầu chung thì phần mềm thương mại nói chung hay phần mềm “đặt hàng” nói riêng mới có thể đáp ứng được.