Điểm đặc biệt trong phương pháp nghiên cứu giúp Mendel có thể khám phá ra các nhân tố di truyền (gene) mà không cần đến kính hiển vi điện tử hay các phương tiện nghiên cứu hiện đại là:

- Lựa chọn đối tượng nghiên cứu thích hợp: Mendel đã chọn đậu Hà lan làm đối tượng nghiên cứu chính. Cây đậu Hà lan có những đặc điểm tạo điều kiện thuận lợi cho việc nghiên cứu các quy luật di truyền của Mendel:

+ Là loài tự thụ phấn, dễ tiến hành lai tạo → giúp Mendel có thể tiến hành các phép lai theo chủ đích.

+ Có nhiều giống thuần chủng với các đặc điểm khác biệt như màu hoa, chiều dài cây, hình dạng hạt, màu sắc hạt,… → giúp Mendel dễ quan sát sự di truyền của tính trạng.

+ Thời gian thế hệ ngắn, một cây có thể có ra nhiều hạt → giúp Mendel thu được số lượng lớn cá thể ở đời con một cách nhanh chóng, đảm bảo số liệu thống kê được chính xác.

- Có phương pháp nghiên cứu khoa học đúng đắn: Mendel đã sử dụng phương pháp phân tích các thế hệ lai bằng toán xác suất thống kê. Nhờ phương pháp này, Mendel đã tìm ra được các quy luật di truyền, điều mà một số các nhà khoa học cùng thời cũng thực hiện các thí nghiệm lai thực vật nhưng không tìm ra được.