Tác động của giao phối cận huyết đến tần số các kiểu gene và tần số allele của quần thể:

- Giao phối cận huyết nói riêng và các loại giao phối nói chung đều không làm thay đổi tần số allele của quần thể.

- Giao phối cận huyết làm thay đổi tần số các kiểu gene của quần thể theo hướng gia tăng tần số các kiểu gene đồng hợp và giảm tần số kiểu gene dị hợp. Mức độ thay đổi nhanh hay chậm tuỳ thuộc vào mức độ giống nhau về kiểu gene của các cá thể tham gia vào quá trình giao phối. Hình thức tự thụ tinh có mức độ giảm tần số kiểu gene dị hợp tử là nhiều nhất (giảm 1/2 sau mỗi thế hệ).