- Vi sinh vật thuộc giới Khởi sinh (vi khuẩn), giới Nguyên sinh (tảo đơn bào và nguyên sinh động vật), giới Nấm (vi nấm). 

- Đặc điểm chủ yếu để phân biệt vi sinh vật với các sinh vật khác là kích thước cơ thể: Vi sinh vật là các sinh vật có kích thước nhỏ, thường không nhìn thấy bằng mắt thường mà chỉ quan sát được bằng kính hiển vi.