Việc ứng dụng vi sinh vật trong sản xuất phân hữu cơ dựa trên cơ sở khoa học: Một số vi sinh vật có vai trò quan trọng trong phân giải lân khó tan trong đất, tăng cường cố định đạm, phân giải mùn và các chất hữu cơ trong đất thành chất khoáng vô cơ mà cây có thể hấp thụ được, hỗ trợ và kích thích sinh trưởng bộ rễ cây trồng,… giúp cây sinh trưởng và phát triển tốt hơn.