Việc chữa trị các bệnh ung thư gặp rất nhiều khó khăn vì:

- Đa số các tế bào gốc ung thư (CSC) được tạo ra bởi các đột biến phát sinh ở những tế bào gốc bình thường, một vài dòng khác lại được tạo ra từ các tế bào tiền thân đột biến. Do đó, các CSC cũng có những đặc tính như tế bào bình thường.

- Bệnh ung thư có quá nhiều loại khác nhau, mỗi loại lại đặc trưng theo nhiều cách khác nhau.

- Mặt khác, nhiều CSC có khả năng kháng lại nhiều phương pháp hiện nay như xạ trị, hóa trị, phẫu thuật,…