Những trở ngại trong việc nghiên cứu và ứng dụng tế bào:

- Khó khăn trong việc xác định các tế bào gốc từ các mô trưởng thành vì các mô này bao gồm hỗn hợp các tế bào khác nhau. Bởi vậy, việc này đòi hỏi các nghiên cứu hết sức tỉ mỉ và cẩn thận.

- Cần thiết lập các điều kiện thích hợp để giúp cho các tế bào gốc biệt hóa thành các tế bào chuyên hóa. Điều này cũng đòi hỏi rất nhiều những kinh nghiệm thực tế.

- Khó khăn khi xảy ra hiện tượng đào thải mô.

- Việc nghiên cứu, ứng dụng tế bào gốc đã nảy sinh nhiều vấn đề cần thảo luận, bàn cãi, trong đó đặc biệt là đạo đức y sinh học.