Nếu chuẩn đoán ban đầu là nhiễm khuẩn phổi, bác sĩ sẽ chỉ định bệnh nhân thực hiện các xét nghiệm xác định tác nhân gây bệnh thuộc loại vi khuẩn nào ví dụ như sử dụng phương pháp nhuộm Gram để xác định loại vi khuẩn mà bệnh nhân nhiễm thuộc nhóm Gram dương hay Gram âm, từ đó, lựa chọn được loại thuốc điều trị hiệu quả.