Virus mới nổi là những chủng virus hoàn toàn mới lạ đối với vật chủ. Chúng có thể xuất hiện bằng nhiều cách:

- Đột biến làm xuất hiện các chủng virus mới từ những chủng có sẵn.

- Các virus có thể tái tổ hợp vật chất di truyền với nhau làm xuất hiện virus mới. Điều này có thể xảy ra khi một cá thể nhiễm nhiều chủng virus khác nhau.

- Virus bị đột biến có thể chuyển đổi từ vật chủ này sang vật chủ khác.