Ưu điểm của phương pháp trồng thuỷ canh so với trồng cây theo phương pháp thông thường:

- Tiết kiệm không gian: chiếm ít diện tích so với trồng cây trên đất.

- Ít tốn công chăm sóc: hoạt động tự động, do đó, tiết kiệm chi phí thuê nhân công và thời gian.

- Tiết kiệm nước: nhờ cơ chế nước tuần hoàn kín trong hệ thống giúp hạn chế tối đa sự bay hơi nước và nước ngấm xuống đất.

- Kiểm soát yếu tố tác động tới cây: dễ dàng chọn dung dịch dinh dưỡng phù hợp nhất cho từng loại cây trồng cũng như loại bỏ được những thành phần có hại hay ảnh hưởng xấu đến sự sinh trưởng, phát triển của cây. Mô hình thuỷ canh thương mại luôn đi kèm với hệ thống nhà màng, nhà kính nên dễ dàng kiểm soát được môi trường sinh trưởng, phát triển của cây (nhiệt độ, độ ẩm, ánh sáng, dinh dưỡng, thành phần không khí).

- Không có cỏ dại, hạn chế sâu bệnh, kiểm soát tối đa thuốc trừ sâu, thuốc bảo vệ thực vật: đảm bảo tốt hơn vấn đề vệ sinh an toàn thực phẩm.

- Năng suất thu hoạch cao: nhờ chủ động được nguồn cung cấp chất dinh dưỡng và phòng tránh sâu bệnh tốt, có thể tăng vụ, trồng được liên tục quanh năm.

- Đảm bảo chất lượng nông sản: nhờ việc kiểm soát được lượng chất dinh dưỡng và thuốc bảo vệ thực vật giúp sản phẩm thu hoạch có chất lượng, đảm bảo sức khoẻ người tiêu dùng.