Xử lí ô nhiễm môi trường đất và nước bằng công nghệ vi sinh vật được thực hiện bằng cách tạo điều kiện thích hợp kích thích các chủng vi sinh vật bản địa có khả năng phân hủy các chất gây ô nhiễm môi trường đất và nước phát triển hoặc bổ sung các chủng ngoại lai vào môi trường. Nhờ hoạt động của các vi sinh vật này, các chất gây ô nhiễm bị biến đổi, giúp cải thiện tình trạng ô nhiễm môi trường đất và nước. Vi sinh vật càng phát triển thì tốc độ phân giải các chất ô nhiễm càng nhanh.