Quy trình công nghệ sử dụng vi sinh vật trong xử lí rác thải rắn hữu cơ được chia thành 3 giai đoạn:

- Giai đoạn chuẩn bị nguyên liệu: Phân loại rác thành nhóm rác vô cơ và rác hữu cơ, nghiền nhỏ và phối trộn nguyên liệu cho phù hợp. Bổ sung nước, giống vi sinh vật, đảo trộn cho đồng đều về độ ẩm và vi sinh vật. Nguyên liệu được đánh luống cao khoảng 1,5 – 2 m hoặc chất vào bể ủ có chiều cao 2 – 2,5 m để chuẩn bị cho giai đoạn xử lí tiếp theo.

- Giai đoạn ủ rác thải: Vi sinh vật phân giải nguyên liệu thành các sản phẩm phân bón cho cây trồng. Thời gian ủ kéo dài khoảng 3 tuần, cần đảo trộn để cung cấp oxygen cho vi sinh vật tồn tại trong đống ủ.

- Giai đoạn thu hồi và hoàn thành thành phẩm: Sàng lọc loại bỏ các vật có kích thước lớn, không được phân giải trong quá trình ủ; bổ sung các chất phụ gia có thành phần N, P, K, vi lượng. Sau đó đóng gói và bảo quản trong kho.