Chất kháng sinh lại không có tác dụng đối với những bệnh do virus vì đặc điểm cấu tạo và đặc điểm sinh sản khác hoàn toàn giữa virus và vi khuẩn:

- Virus không được cấu tạo từ tế bào, mà chỉ được cấu tạo đơn giản gồm bộ gen (hoặc DNA hoặc RNA) bao quanh là lớp vỏ protein. Do cấu tạo đặc biệt đó nên bắt buộc virus phải sống kí sinh bắt buộc bên trong tế bào chủ mà nó xâm nhiễm. Khi vào cơ thể, áo protein bị loại bỏ, chỉ hoạt động bởi ARN hoặc ADN của nó nên không có cách gì để nhận biết.

- Hơn nữa, kháng sinh diệt được vi khuẩn vì vi khuẩn kí sinh ngoài tế bào nên kháng sinh có thể diệt nguyên vi khuẩn, còn virus nằm trong vật chất di truyền của tế bào chủ cho nên nếu kháng sinh diệt virus thì đồng nghĩa với diệt cả tế bào của chủ (người hoặc động vật).

- Thậm chí, nhiều virus còn có khả năng nằm ẩn mình vài năm trong tế bào trước khi phát bệnh.