- Cơ chế tác dụng của thuốc phần lớn là kết quả của sự tương tác giữa thuốc với receptor (thụ thể - chủ yếu là protein). Nếu biết được cấu hình không gian ba chiều của protein gây bệnh thì có thể chế tạo ra loại thuốc với cấu hình có thể gắn đặc hiệu và tương thích với protein (receptor), gây ra các phản ứng, chữa trị bệnh do protein này gây ra. Nghĩa là nguyên lý tương thích ổ khóa chìa khóa.

- Ngoài ra, khi biết được cấu hình không gian của protein gây bệnh, có thể chế tạo loại thuốc có tác dụng ức chế enzyme gây bệnh hoặc hoạt hóa enzyme, ảnh hưởng đến quá trình chuyển hóa hoặc quá trình điều hòa quá trình sinh hóa khi nó gây bệnh.