Những liên kết hóa học giữa các bộ phận của chuỗi polypeptide giúp duy trì cấu trúc bậc 2 của protein là:

- Cấu trúc bậc 2 là tương tác không gian giữa các gốc amino acid ở gần nhau trong chuối polypeptide.

- Cấu trúc này được làm bền chủ yếu nhờ liên kết hydrogen được tạo thành giữa liên kết peptide ở gần kề nhau, cách nhau những khoảng không xác định. Trong cấu trúc này có nhiều liên kết hydro với mức năng lượng nhỏ, vì vậy nó đảm bảo tính đàn hồi sinh học.