Ví dụ về tầm quan trọng của vi khuẩn và Archaea với các loài sinh vật khác là:

- Vi khuẩn cộng sinh trong nốt sần cây họ đậu tham gia vào chu trình nito. Tham gia vào quá trình cố định nito trong đất.

- Một số vi khuẩn phân giải giúp phân giải xác sinh vật và chất thải của sinh vật thành các chất vô cơ cho các sinh vật khác sử dụng.

- Vi khuẩn cộng sinh trong ruột mối giúp mối tiêu hóa gỗ.

- Ở chu trình sulfide, Archaea phát triển bằng cách oxy hóa các hợp chất lưu huỳnh để giải phóng nguyên tố này khỏi đá, giúp các loài khác có thể sử dụng được.

- Một số archaea sinh methane sống ở các điều kiện môi trường khác nhau như ao hồ, đầm lầy, các ruộng lúa ngập nước,… nó được sử dụng để phân hủy các hợp chất bền vững làm ô nhiễm môi trường.