- Bước 1: Đầu tiên ta phải tuyển chọn giống vi sinh vật, chọn được loại giống tốt

- Bước 2: Tổng hợp enzym: chỉ tổng hợp một lượng nhỏ enzym (enzym bản thể), người ta cần tiến hành gây đột biến bằng phương pháp sinh học, lý, hóa học…để tạo chủng có khả năng “siêu tổng hợp enzym” như: Phương pháp gây đột biến; Phương pháp biến nạp; Phương pháp tiếp hợp gene; Phương pháp tải nạp.

- Bước 3: Thu nhận enzyme:Tách và làm sạch chế phẩm enzyme: Các phân tử enzyme không có khả năng đi qua màng của tế bào và màng của các cấu tử của tế bào. Do đó để có thể chiết rút các enzyme nội bào, bước đầu tiên là phải phá vỡ cấu trúc của các tế bào có chứa enzyme và chuyển chúng vào dung dịch. 

- Bước 4: Để loại bỏ muối khoáng và các loại đường... là các tạp chất có phân tử lượng thấp, người ta thường dùng phương pháp thẩm tích (dialysis) đối nước hay đối các dung dịch đệm loãng hoặc bằng cách lọc qua gel sephadex. Để loại bỏ các protein tạp (protein cấu trúc, protein trơ) và các chất có phân tử lượng cao khác người ta hay dùng kết hợp các phương pháp khác nhau: phương pháp biến tích chọn lọc nhờ tác dụng của nhiệt độ hoặc pH của môi trường, phương pháp kết tủa phân đoạn bằng muối trung tính hoặc các dung môi hữu cơ, các phương pháp sắc ký (sắc ký hấp phụ, sắc ký trao đổi ion), điện di, phương pháp lọc gel. Để nâng cao giá trị sử dụng, hiện nay người ta thường tạo ra chế phẩm enzyme gọi là enzyme không tan (hay enzym cố định).

- Bước 5: Tạo chế phẩm enzyme