Công dụng của enzyme đối với cây trồng là để phục vụ quá trình cải tạo đất nông nghiệp. Hơn nữa, chúng còn được sử dụng như một phân bón hữu cơ thay thế cho phân bón hoá học, giúp hạn chế hoá chất độc hại và rác thải thải ra ngoài môi trường.