Trong thời kì trị vì của mình, vua Gia Long lại tổ chức cơ cấu hành chính như vậy, vì: Nhà Nguyễn mới được thành lập, hoạt động của bộ máy nhà nước còn chưa vững chắc, lại cai quản một vùng đất đai rộng lớn từ ải Nam Quan đến mũi Cà Mau. Bên cạnh đó, nhà Nguyễn chọn Phú Xuân (Huế) làm Kinh đô (cách thành Hà Nội khoảng 700km, cách Gia Định khoáng 900 km), nên người đứng đầu chính quyền gặp một số khó khăn trong việc quản lí hành chính.