Để giải bài toán này, trước tiên cần xác định kiểu gen của các cây lúa trong phép lai.

Giả sử:

- Gen quy định chiều cao thân:
- H (gen trội) quy định thân cao
- h (gen lặn) quy định thân thấp

- Gen quy định hình dạng hạt:
- D (gen trội) quy định hạt dài
- d (gen lặn) quy định hạt tròn

Các cây lúa thuần chủng sẽ có kiểu gen như sau:
- Cây lúa thân cao, hạt dài (thuần chủng) có kiểu gen HHDD.
- Cây lúa thân thấp, hạt tròn (thuần chủng) có kiểu gen hhdd.

Khi lai chúng với nhau, cây F1 sẽ có kiểu gen:
- F1: HhDd (100% cây có thân cao và hạt dài).

Tiếp theo, khi cho các cây F1 tự thụ phấn, chúng ta sẽ cân nhắc sự phân ly của các gen:

Hình như tự thụ phấn sẽ tạo ra các kiểu gen sau:

- Trường hợp thứ nhất: H D (HhDd)
- Trường hợp thứ hai: H d (Hhdd)
- Trường hợp thứ ba: h D (hhDd)
- Trường hợp thứ tư: h d (hhdd)

Sử dụng quy tắc hình ô vuông (Punnett Square) để tính toán tỷ lệ kiểu hình của thế hệ F2:

1. Kiểu gen F2 có thể là:
- 1 HHD: thân cao, hạt dài
- 2 HhD: thân cao, hạt dài
- 1 HHd: thân cao, hạt tròn
- 2 Hhd: thân cao, hạt tròn
- 1 hhD: thân thấp, hạt dài
- 2 hhd: thân thấp, hạt tròn

Cụ thể, tỷ lệ kiểu hình ở F2 sẽ là:
- 9 cây thân cao, hạt dài
- 3 cây thân cao, hạt tròn
- 3 cây thân thấp, hạt dài
- 1 cây thân thấp, hạt tròn

Tóm lại:
Kết quả F2 sẽ có tỷ lệ kiểu hình được xác định là:
- 9 thân cao, hạt dài
- 3 thân cao, hạt tròn
- 3 thân thấp, hạt dài
- 1 thân thấp, hạt tròn

Tỷ lệ tổng quát là 9:3:3:1 cho các kiểu hình.