Để phân tích di truyền màu sắc thân cây cà chua theo quy luật di truyền của gen A (thân đỏ thẫm) và gen a (thân xanh lục), ta có thể dựa vào tỉ lệ xuất hiện của các kiểu gen và kiểu hình trong quá trình lai.

1. **Giả định:**
- Gen A quy định thân đỏ thẫm (dominant).
- Gen a quy định thân xanh lục (recessive).

2. **Kết quả bàu nghiệm:**
- 75% cây có thân đỏ thẫm.
- 25% cây có thân xanh lục.

Dựa trên kết quả trên, ta có thể suy luận rằng:
- Tỉ lệ 3:1 (thân đỏ thẫm: thân xanh lục) tương ứng với sự phân ly của một gen duy nhất với 2 biến thể (A và a).

3. **Kiểu gen của cây bố mẹ có thể là:**
- P: AA x aa (chắc chắn chỉ cho ra kiểu gen Aa, thân đỏ thẫm).
- P: Aa x Aa (cho ra tỉ lệ 3:1, tương ứng với các kiểu gen AA, Aa, aa).

4. **Xét các kiểu gen:**
- a) P: AA x aa → tất cả đều có thân đỏ thẫm: 100% Aa.
- b) P: Aa x Aa → 75% Aa, 25% aa.
- c) P: AA x Aa → 100% có vẻ màu thân đỏ thẫm, nhưng ba kiểu gen là không hợp lệ.
- d) P: aa x aa → tất cả đều có thân xanh lục (không hợp lệ).

Từ đó, kết luận rằng phương pháp đúng để thu được tỉ lệ 75% thân đỏ thẫm và 25% thân xanh lục chính là phương pháp b) P: Aa x Aa.