Vi khuẩn và trùng roi thuộc hai giới khác nhau trong phân loại sinh vật.

1. Vi khuẩn (Bacteria) là thuộc Giới Vi khuẩn (Bacteria). Vi khuẩn là những sinh vật đơn bào, không có nhân thật (prokaryotic), có cấu trúc tế bào đơn giản. Vi khuẩn thường sinh sống trong môi trường đa dạng và có thể gây bệnh, nhưng cũng có những vi khuẩn có lợi cho môi trường và con người.

2. Trùng roi (Flagellates) là thuộc Giới Động vật nguyên sinh (Protista). Trùng roi là nhóm động vật nguyên sinh đơn bào có roi (flagella) để di chuyển. Các trùng roi có thể sống ở môi trường nước, đất, và một số loài có thể là ký sinh trong cơ thể vật chủ.

Vậy, vi khuẩn là sinh vật trong Giới Vi khuẩn, còn trùng roi thuộc Giới Động vật nguyên sinh.