Vua sai bắt mẹ con Lý Thông giao cho Thạch Sanh trừng phạt. Vua bảo với chàng:

• Hai kẻ này đã làm nhiều tội ác, đặc biệt với con nên con muốn định đoạt thế nào là quyền của con.

Thạch Sanh chưa kịp trả lời, Lý Thông liền hét lớn:

• Ta không có tội gì hết. Nếu không có ta cưu mang hắn, hắn sẽ không có ngày hôm nay!

Thạch Sanh mỉm cười:

• Phải nếu không có anh, ta sẽ mãi ở gốc đa làm nghề đốn củi sống qua ngày.

Rồi không nói không rằng, Thạch Sanh lặng lẽ gảy một khúc đàn. Âm thanh trầm lắng vang lên, nhẹ nhàng mà da diết. Ngay lập tức, hai mẹ con Lý Thông mặt tái đi, chân tay bủn rủn, đầu óc hắn quay cuồng. Hắn hồi tưởng lại những chuyện hắn đã làm vì những danh vọng, toan tính mà hắn muốn đọc được. Khúc đàn vừa dứt, Lý Thông quỳ sụp xuống:

• Ta đã làm nhiều chuyện thất đức với Thạch Sanh, mong cậu tha thứ cho ta...

Thạch Sanh vội đỡ Lý Thông đứng dậy, cầm tay và nói những lời chân thành từ trái tim:

• Anh đã nhận ra sai lầm là điều tốt lắm rồi. Tôi không muốn trừng phạt anh gì cả. Tôi cho anh về quê mong anh có thể tu tâm tích đức, lương thiện mà làm ăn. Nếu anh còn làm những chuyện xấu, không phải tôi mà chính ông trời sẽ trừng trị anh.

Hai mẹ con Lý Thông vội vàng cúi lạy Thạch Sanh. Từ đó, họ về quê, làm lụng ruộng vườn còn Thạch Sanh trở thành một vị vua anh minh, được cả đất nước yêu mến.
Một hôm, chàng nghe tin Ngọc Hoàng sai Thiên Lôi đến trừng phạt Lý Thông. Khi Thiên Lôi đã giơ chiếc chùy của mình định vung sét, có một bàn tay vội cản lại, đó là Thạch Sanh. Chàng bảo:

• Hắn đã lương thiện làm ăn, hà cớ gì Ngọc Hoàng còn sai ngươi tới?

Thiên Lôi gằn giọng:

• Đó là bởi cậu rộng lượng tha thứ cho hắn. Tội của hắn chỉ lương thiện làm ăn thôi chưa đủ nên tốt nhất để hắn chết đi.

Thiên Lôi một lần nữa vung chùy. Thạch Sanh vẫn ra sức can ngăn:

• Đừng, tôi sẽ nghĩ cách. Hắn sẽ có đóng góp cho đất nước, nhân dân.

Thiên Lôi đành thôi về tâu với Ngọc Hoàng. Ngọc Hoàng tạm tha chết cho Lý Thông. Nhưng điều này lại làm cho Thạch Sanh trăn trở. Chàng suy nghĩ không biết phải cho Lý Thông làm gì để cứu mạng hắn.
Đúng lúc ấy, ở phía Bắc có giặc ngoại xâm, thay vì để Tướng quốc cầm quân, Thạch Sanh quyết định cho gọi Lý Thông. Sau khi nghe trọng trách to lớn, Lý Thông vội vàng lắc đầu:

• Thưa hoàng thượng, thần không làm được đâu ạ.

Thạch Sanh vẫn từ từ khuyên bảo:

• Anh cứ yên tâm, ta nhìn thấy tài cầm quân của anh nên mới giao nhiệm vụ quan trọng này.

Ngập ngừng một lúc, chàng nói thêm:

• Thực ra Ngọc Hoàng trên trời không có ý tha chết cho anh. Giờ anh phải lập được chiến công thì may ra mới được thoát tội. Các tướng quốc sẽ giúp ngươi.

Lý Thông nghe vậy cũng an tâm đồng ý.
Trận chiến năm ấy rất ác liệt, nhưng nhờ tài cầm quân của Lý Thông, hắn thậm chí còn suýt hy sinh tính mạng cuối cùng cũng giành chiến thắng. Họ trở về trong sự chào đón hân hoan của nhân dân cả nước. Thạch Sanh cảm thán:

• Các ngươi đã chiến đấu hết mình, quả đáng khen. Ta sẽ trọng thưởng cho tất cả các vị tướng và binh lính tham gia lần này. Riêng Lý Thông, ta sẽ phong cho ngươi một chức quan trong triều đình.

Lý Thông kính cẩn chắp tay:

• Bẩm vua, thần chỉ làm đúng trách nhiệm của mình, cố giữ được cái mạng này. Từ lâu, thần không còn muốn vướng vào chốn quan trường.

Đúng lúc đó, có người xuống báo cho Thạch Sanh biết Lý Thông được tha mạng. Lý Thông cảm động khôn xiết, không ngừng tạ ơn Thạch Sanh.
Từ đó hắn lại trở về sống một cuộc đời bình dị của nông dân.