Mùa hè 1962, các kĩ sư Liên Xô bắt đầu xây dựng các bệ phóng cho loại tên lửa có tầm bắn trên 3.000km – tên lửa này có thể bay tới vùng duyên hải phía đông nước Mỹ chỉ trong vòng vài phút. Và đây chính là nguyên nhân và sự khởi đầu của cuộc khủng hoảng 13 ngày (từ 16 đến 29/10/1962), trong đó những ngày căng thẳng nhất là:
Sáng sớm 16/10, CIA đệ trình Tổng thống Kennedy tài liệu chứng minh Liên Xô đang triển khai tên lửa tầm trung tại Cuba. Ngày 19/10, giới quân nhân đòi “nướng chín” Cuba. Ngày 22/10, Tổng thống Mỹ thông báo tình hình trên đài phát thanh và truyền hình, tuyên bố phong toả đường không, đường biển của Cuba và yêu cầu Liên Xô đưa tên lửa khỏi Cuba; 2.500 thân nhân binh sĩ Mỹ tại căn cứ Goantanamo được yêu cầu thu xếp hành lí trong 15 phút để di tản.
Ngày 24/10, các tàu hàng hải của Liên Xô trên đường đến Cuba bị tàu chiến Mỹ giữ và đe doạ nổ súng. Ngày 25/10, Khrushov đưa ra thông điệp hoà giải, đồng thời cảnh cáo những hành động quá khích của Mỹ. Cùng ngày, giới quân sự Mỹ phát lệnh báo động nguyên tử. Người dân Mỹ đổ xô mua sắm lương thực, thực phẩm để dự trữ.
Ngày 26/10, Lầu Năm góc thông qua kế hoạch của chiến dịch Mangusta huy động 200.000 lính lục quân, 70.000 lính hải quân đánh bộ, 2.000 lượt máy bay, 100 tàu... sẵn sàng cho chiến tranh. Lực lượng hạt nhân chiến lược được đặt trong tình trạng sẵn sàng chiến đấu cao. Các máy bay B-52 di chuyển liên tục trên không phận đông – nam nước Mỹ. Rất đông người Mỹ chạy sang Mexico lánh nạn.
Ngày 27/10, nhà lãnh đạo Cuba Fidel Castro nhận được tin tình báo rằng Mỹ có thể tiến công trong vài ngày tới. Còn ở Moscow, Khrushov phê chuẩn kế hoạch bảo vệ các cơ sở của Liên Xô tại Cuba trong trường hợp Mỹ tiến công. Ngày 28/10, Đại sứ Liên Xô tại Mỹ Anatoli Dobrunin thông báo với Bộ trưởng Tư pháp Mỹ Robert Kennedy nội dung bức điện của Khrushov nêu rõ Liên Xô đồng ý tháo dỡ các quả tên lửa đã triển khai tại Cuba.
Ngày 29/10, Robert Kennedy thông báo với Đại sứ Dobrunin rằng Tổng thống Kennedy xác nhận, để đáp ứng thiện chí của phía Liên Xô, Mỹ đồng ý huỷ bỏ căn cứ tên lửa của họ tại Thổ Nhĩ Kì đang hướng về phía Liên Xô, song yêu cầu không công khai thoả thuận này. Cuộc khủng hoảng chấm dứt.
Bên cạnh kênh ngoại giao và các kênh chính thức khác, tình báo đối ngoại Liên Xô đã có sự đóng góp xuất sắc trong giải quyết sự kiện này.
Vào thời điểm ấy, Tổ trưởng điệp báo Liên Xô tại Washington là Alesander Feklisov hoạt động dưới bình phong Tham tán đại sứ quán với cái tên Fomin. Ông đã có cuộc trò chuyện với nhà bình luận quốc tế nổi tiếng của đài ABC John Skaly. Tại đây, Skaly đánh giá việc Khrushov coi thường Tổng thống Mỹ là sai lầm. Skaly cũng thông báo giới quân sự Mỹ đang đề nghị Kennedy cho phép họ đánh thẳng vào Cuba và cam đoan giành chiến thắng trong vòng 48 tiếng.
Đáp lại, Fomin cho rằng nhà lãnh đạo Liên Xô rất tôn trọng Tổng thống Kennedy, coi ông này có tầm nhìn xa trông rộng, thể hiện qua việc ngăn chặn giới quân nhân lôi kéo Mỹ vào “một cuộc phiêu lưu mạo hiểm nhất với hậu quả khôn lường”. Về việc tiến công Cuba, Fomin cho rằng điều này chẳng khác gì “tạo cho Khrushov quyền được tự do hành động, và Liên Xô có thể giáng đòn đánh trả Mỹ vào chỗ hiểm yếu hơn ở một nơi khác có ý nghĩa chính trị – quân sự quan trọng hơn”.
Câu trả lời này của Fomin gây bất ngờ cho Skaly. Ông ta hỏi lại: “Có phải anh ngụ ý “chỗ hiểm” ấy là Tây Berlin? Tôi nghĩ quân đội Mỹ và đồng minh sẽ kiên quyết bảo vệ thành phố này”. “Đúng vậy”, Fomin nói, “để trả đũa thì điều đó hoàn toàn có thể xảy ra. Với những dòng thác xe tăng tiến về phía Tây, những binh đoàn máy bay tiêm kích quét sạch mọi thứ trên mặt đất thì chỉ cần 24 tiếng đồng hồ, các sư đoàn Liên Xô sẽ đè bẹp sự kháng cự của các đơn vị đồn trú Mỹ, Anh, Pháp để đánh chiếm Berlin”.
Những lời nói của Fomin đã gây ấn tượng mạnh mẽ đối với Skaly. Ông ta kết luận rằng chiến tranh với những hậu quả khôn lường như vậy là không còn xa nữa, và hỏi người đối thoại của mình: “Vậy thì theo anh vì cái gì mà phải bắt đầu chiến tranh?”. Fomin trả lời: “Vì hai bên sợ lẫn nhau. Vì Cuba sợ bị tiến công, còn Mỹ sợ bị tên lửa bắn từ Cuba”.
Ngay sau cuộc gặp, Skaly đi thẳng đến Nhà Trắng. Chỉ 2-3 giờ sau đó, cũng thông qua John Skaly, Kennedy đã đưa ra đề nghị mang tính nhân nhượng nhằm giải quyết khủng hoảng. Skaly lập tức mời Fomin đến gặp và “được sự uỷ quyền của nhà lãnh đạo tối cao”, thông báo cho Fomin những điều kiện giải quyết khủng hoảng, bao gồm: 1. Liên Xô tháo dỡ và dưới sự giám sát của Liên Hợp quốc đưa tên lửa ra khỏi Cuba; 2. Mỹ bãi bỏ phong toả; 3. Mỹ cam kết không tiến công Cuba.
Fomin ghi chép cẩn thận những điều kiện do Skaly đưa ra, yêu cầu Skaly xác định rõ “nhà lãnh đạo tối cao” chính là Tổng thống Kennedy và cam kết sẽ nhanh chóng báo cáo về Moscow. Trở về sứ quán, Fomin thảo bức điện báo và chuyển cho Đại sứ Dobrunin kí. Nhưng đại sứ không kí vào bức điện đó với lí do Bộ Ngoại giao không uỷ quyền cho ông tiến hành những cuộc hội đàm như thế. Thế là, Fomin tự kí vào bức điện và chuyển nó cho Tướng Sakharovski, Giám đốc Tổng cục Tình báo đối ngoại. Ngày 27/10, trong công hàm gửi Khrushov, Kennedy chính thức khẳng định những điều kiện nhân nhượng đã được trao đổi qua kênh Skaly – Fomin.
Nhiều năm sau, khi hồi tưởng lại sự kiện này, nhà tình báo Feklisov nhấn mạnh rằng không ai giao nhiệm vụ cho ông đưa ra ý tưởng đánh chiếm Berlin như một biện pháp trả đũa của Liên Xô trước việc Mỹ tiến công Cuba. Hành động này tựa như một sáng kiến xuất thần trong đầu ông: “Tôi đã nói với tinh thần dám chịu trách nhiệm trước hành động của mình, bởi sau khi phân tích tình hình tôi nghĩ rằng sự việc sẽ xoay chiều đúng như vậy... Giờ đây nghĩ lại, tôi thấy quả là mình đã mạo hiểm, nhưng không hề sai lầm”.