Là loại enzyme được tiết ra trong tuyến nước bọt, dạ dày, tuyến tụy và ruột non. Các loại enzyme tiêu hóa do trong bộ máy tiêu hóa sinh có vai trò tiêu hoá những thực phẩm được đưa vào cơ thể, bởi vậy các enzyme tiêu hoá rất quan trọng đối với sức khoẻ của hệ tiêu hoá. Hầu hết mọi người đều không có được sự cân bằng của các enzyme tiêu hoá trong cơ thể. Điều này có thể dẫn đến các vấn đề tiêu hoá như – trào ngược acid, ợ hơi, hoặc cảm giác đau dạ dầy sau bữa ăn. Có loại 3 Enzym được coi là các Enzym tiêu hoá chính và quan trọng nhất cho sức khoẻ gồm:

1) Protease là enzyme tiêu hóa protein, đồng thời cũng là loại enzyme phá bỏ các mảnh vỡ từ các tế bào ký sinh trùng, nắm, vi khuẩn, virus và màng protein của tế bào ung thư.

2) Amylase là loại enzyme tiêu hóa carbonhydrate. Amylase chủ yếu có trong dịch tụy và nước bọt.

3) Lipase là loại enzyme tiêu hóa chất béo và các vitamin tan trong chất béo. Nó cũng được sử dụng để tiêu hóa omega-3 và omega-6.