Mặt hạn chế lớn thứ hai là sau khi đánh đổ các tập đoàn phong kiến Lê, Trịnh, Nguyễn, chính quyền Tây Sơn chưa có những chính sách lớn làm thay đổi một cách căn bản và triệt để thiết chế chính trị xã hội phong kiến. Những cải cách về kinh tế-xã hội mà Quang Trung thực hiện sau ngày đại thắng quân Thanh tuy là khá mạnh dạn và táo bạo, nhưng vẫn chỉ là những cải cách bước đầu, chưa phải là một cuộc cải cách triệt để chế độ chính trị xã hội. Hơn nữa, những cải cách của vua Quang Trung chỉ được thực hiện trong phạm vi cai quản của mình chứ chưa phải là trên toàn lãnh thổ nước ta hồi bấy giờ. Đặc biệt vua Quang Trung chưa có những chính sách lớn nhằm làm thay đổi cơ cấu của chế độ sở hữu ruộng đất đương thời hoặc hạn chế nạn kiêm tính ruộng đất, chưa động chạm gì đến ruộng đất tư hữu của giai cấp địa chủ, của đám cường hào, quan lại cũ không chống đối. “Chiếu khuyến nông” của vua Quang Trung có nói đến việc bắt buộc các cấp chính quyền cơ sở phải đem toàn bộ số ruộng đất bị bỏ hoá và số ruộng đất tịch thu được của những kẻ chống đối hoặc chạy trốn lâu dài chia cho dân canh tác. Nhưng chủ trương này có lẽ chỉ được thực hiện ở những làng xã nào có nhiều dân phiêu tán mà thôi. Số ruộng công làng xã vẫn được duy trì, trong đó bên cạnh số để lại cho dân đinh chia nhau cày cấy, Nhà nước đã lấy một bộ phận cấp cho các quan lại, tướng tá có công để làm ruộng ngụ lộc và cho quân sĩ làm ruộng lương. Số ruộng đất thuộc sở hữu của nhà nước Lê-Trịnh cũ và một số ruộng đất tư bỏ hoang (có lẽ của các dòng họ chống đối) bị tịch thu cũng không được đem chia cho dân mà nhà nước giữ lại để thành lập các quan trang, quan trại, quan đồn điền…

Tất cả những chủ trương trên đã làm cho nguyện vọng về ruộng đất của nông dân chưa được giải quyết một cách triệt để, cho nên chắc chắn là nông dân không hài lòng, do đó họ không thể ủng hộ hết mình đối với chính quyền mới.

Tại vùng lãnh thổ dưới quyền cai trị của Nguyễn Nhạc từ Quảng Nam vào đến Bình Thuận, tuy sau khi bộ máy hành chính thuế khoá cũ và quân đội của chúa Nguyễn bị tiêu diệt, nông dân đã thoát khỏi ách áp bức bóc lột của bọn quan lại và bọn cho vay nặng lãi, nhưng nguyện vọng được bình đẳng về xã hội và tài sản-được có ruộng đất để cày cấy-càng chưa được giải quyết sau khi khởi nghĩa thắng lợi.

Ở miền đất Gia Định dưới quyền cai quản của Nguyễn Lữ thì tình hình càng tồi tệ hơn nhiều. Quân Tây Sơn 5 lần đánh vào Gia Định truy quét họ Nguyễn, nhưng cả 5 lần sau khi đánh bại quân nhà Nguyễn, quân Tây Sơn lại rút về, chỉ để lại một bộ phận quân đồn trú đóng ở các dinh trấn lớn như Trấn Biên (Biên Hoà), Phiên Trấn (Gia Định), Long Hồ (Vĩnh Long), thực hiện một kiểu “quân quản” nhằm đề phòng quân Nguyễn chiếm lại, chứ tuyệt nhiên không tiến hành bất cứ một cuộc cải cách chính trị, kinh tế, xã hội nào. Dường như ở đây, Tây Sơn chưa hề thiết lập được một hệ thống chính quyền xuống đến tận cơ sở, càng không hề đụng chạm đến quyền chiếm hữu ruộng đất của giai cấp đại điền chủ ở đây-mà theo Lê Quý Đôn thì mỗi địa phương ở Gia Định lúc bấy giờ có đến 40, 50 điền chủ, mỗi điền chủ nắm trong tay 300, 400 trâu bò, 300, 400 điền nô. Do đó có thể nói quân Tây Sơn chưa hề đem lại quyền lợi gì cho nông dân ở đây-trước hết là quyền lợi về ruộng đất, ngược lại giai cấp đại điền chủ trước sau vẫn an như bàn thạch, và chính tầng lớp xã hội này lại là chỗ dựa vững mạnh về kinh tế và quân sự của tập đoàn Nguyễn Ánh trong việc chống lại và cuối cùng đánh bại nhà Tây Sơn.

Một hạn chế quan trọng nữa là trong quá trình của cuộc đấu tranh chống phong kiến, đã diễn ra sự thay đổi quan trọng nếu không nói là thoái hoá biến chất trong hàng ngũ các lãnh tụ và tướng lĩnh nghĩa quân Tây Sơn. Thường thường sau khi quân khởi nghĩa chiếm được một vùng đất nào, anh em Tây Sơn liền trao cho các tướng lĩnh cai quản vùng đất chiếm được ấy. Tại đây, họ lại bắt nhân dân đóng góp nhân, vật, tài lực-họ lại thu thuế. Những khoản thu đó không chỉ để nuôi dưỡng quân khởi nghĩa và tổ chức các cuộc hành quân mới, mà còn làm giàu cho các lãnh tụ, tướng lĩnh cùng với những người thân cận. Dần dần các lãnh tụ và các tướng lĩnh của cuộc khởi nghĩa đi vào con đường phong kiến hoá. Và quá trình đó đã được định hình khi mà cả ba anh em Tây Sơn đều tự phong cho mình những chức danh của chính quyền phong kiến và bắt đầu ban phát bổng lộc phong kiến cho đám quan lại và thân tộc của mình. Sử liệu cho biết ở thời Tây Sơn, nhà nước vẫn chủ trương ban cấp ruộng đất cho quan lại theo hình thức ngụ lộc, biệt thực. Hình thức ban cấp một hai xã làm ngụ lộc cũng được duy trì. Lấy thí dụ vua Quang Trung đã từng cấp cho Nguyễn Thiếp một xã để ăn lộc, cấp cho mẹ của công chúa Ngọc Hân - Bắc cung hoàng hậu của Quang Trung-30 mẫu ruộng lộc, cấp cho Phan Huy Ích 30 mẫu ruộng quan lộc, cấp cho Nguyễn Đề - em Nguyễn Du-làm quan cho Tây Sơn, 40 mẫu ruộng lộc…

Sự phong kiến hoá của hàng ngũ lãnh tụ và tướng lĩnh Tây Sơn đã làm cho họ dần dần tách rời khỏi nhân dân, từ đó mất đi sự ủng hộ của nhân dân, trước hết là của nông dân, nhất là sau khi Quang Trung mất.

Vậy là phong trào nông dân Tây Sơn đã viết nên những trang sử huy hoàng nhất trong lịch sử dân tộc ta, trong đó chói sáng lý tưởng cao cả, sự nghiệp vẻ vang cùng với tài năng, phẩm chất và tính cách độc đáo của người anh hùng áo vải Quang Trung - Nguyễn Huệ. Chúng ta có quyền và cần phải tự hào về những chiến công oanh liệt của phong trào Tây Sơn. Tuy nhiên bên cạnh sự khẳng định những mặt tích cực, chúng ta cần phải nhận chân một số mặt hạn chế của nó vốn mang tính tất yếu đối với một phong trào nông dân, trong đó hạn chế lớn nhất là phong trào Tây Sơn đánh đổ các tập đoàn phong kiến nhưng không xoá bỏ hoàn toàn chế độ chính trị xã hội phong kiến, trái lại chỉ qua một thời gian ngắn, nó lại quay về với thiết chế  chính trị ấy.

…Rõ ràng các lãnh tụ Tây Sơn đã phát động được một phong trào nông dân rộng lớn chống lại sự áp bức bóc lột của phong kiến, nhưng bản thân họ trước sau vẫn là đại diện của nông dân, với hành trang tư tưởng nông dân. Vì vậy họ không thể lãnh đạo xây dựng một chế độ xã hội mới tiến bộ. Dưới sự lãnh đạo của họ, xã hội tuy ít nhiều đã có được một số biến đổi theo chiều hướng đi lên, nhưng quan hệ kinh tế phong kiến và chế độ chính trị phong kiến về cơ bản vẫn tiếp tục tồn tại. Đó là một trong những bài học chứng tỏ rằng, muốn xây dựng một chế độ xã hội mới tiến bộ thì điều quan trọng hàng đầu là phải khắc phục tư tưởng nông dân tiểu nông - hệ tư tưởng của những người sản xuất nhỏ, hẹp hòi và thiển cận.

Sự phân chia quyền lực đó tưởng là sự hàn gắn được sự rạn nứt, nào ngờ sự rạn nứt mỗi ngày một phát triển và cuối cùng đã dẫn đến một trận đánh nhau lớn giữa hai anh em. Việc hoà giải được thực hiện, nhưng rồi hai anh em vẫn nghi ngờ nhau, mỗi người tự lo cho mình. Và Nguyễn Nhạc đã không còn rỗi rãi để nghĩ đến việc giữ vững vùng đất Gia Định mà chúng ta thấy Nguyễn Ánh đã biết lợi dụng tình thế thuận lợi ấy.

Rõ ràng sự rạn nứt trong bộ phận lãnh đạo đã làm suy yếu sức mạnh của chính quyền Tây Sơn.

Mặt hạn chế lớn thứ hai là sau khi đánh đổ các tập đoàn phong kiến Lê, Trịnh, Nguyễn, chính quyền Tây Sơn chưa có những chính sách lớn làm thay đổi một cách căn bản và triệt để thiết chế chính trị xã hội phong kiến. Những cải cách về kinh tế-xã hội mà Quang Trung thực hiện sau ngày đại thắng quân Thanh tuy là khá mạnh dạn và táo bạo, nhưng vẫn chỉ là những cải cách bước đầu, chưa phải là một cuộc cải cách triệt để chế độ chính trị xã hội. Hơn nữa, những cải cách của vua Quang Trung chỉ được thực hiện trong phạm vi cai quản của mình chứ chưa phải là trên toàn lãnh thổ nước ta hồi bấy giờ. Đặc biệt vua Quang Trung chưa có những chính sách lớn nhằm làm thay đổi cơ cấu của chế độ sở hữu ruộng đất đương thời hoặc hạn chế nạn kiêm tính ruộng đất, chưa động chạm gì đến ruộng đất tư hữu của giai cấp địa chủ, của đám cường hào, quan lại cũ không chống đối. “Chiếu khuyến nông” của vua Quang Trung có nói đến việc bắt buộc các cấp chính quyền cơ sở phải đem toàn bộ số ruộng đất bị bỏ hoá và số ruộng đất tịch thu được của những kẻ chống đối hoặc chạy trốn lâu dài chia cho dân canh tác. Nhưng chủ trương này có lẽ chỉ được thực hiện ở những làng xã nào có nhiều dân phiêu tán mà thôi. Số ruộng công làng xã vẫn được duy trì, trong đó bên cạnh số để lại cho dân đinh chia nhau cày cấy, Nhà nước đã lấy một bộ phận cấp cho các quan lại, tướng tá có công để làm ruộng ngụ lộc và cho quân sĩ làm ruộng lương. Số ruộng đất thuộc sở hữu của nhà nước Lê-Trịnh cũ và một số ruộng đất tư bỏ hoang (có lẽ của các dòng họ chống đối) bị tịch thu cũng không được đem chia cho dân mà nhà nước giữ lại để thành lập các quan trang, quan trại, quan đồn điền…

Tất cả những chủ trương trên đã làm cho nguyện vọng về ruộng đất của nông dân chưa được giải quyết một cách triệt để, cho nên chắc chắn là nông dân không hài lòng, do đó họ không thể ủng hộ hết mình đối với chính quyền mới.

Tại vùng lãnh thổ dưới quyền cai trị của Nguyễn Nhạc từ Quảng Nam vào đến Bình Thuận, tuy sau khi bộ máy hành chính thuế khoá cũ và quân đội của chúa Nguyễn bị tiêu diệt, nông dân đã thoát khỏi ách áp bức bóc lột của bọn quan lại và bọn cho vay nặng lãi, nhưng nguyện vọng được bình đẳng về xã hội và tài sản-được có ruộng đất để cày cấy-càng chưa được giải quyết sau khi khởi nghĩa thắng lợi.

Ở miền đất Gia Định dưới quyền cai quản của Nguyễn Lữ thì tình hình càng tồi tệ hơn nhiều. Quân Tây Sơn 5 lần đánh vào Gia Định truy quét họ Nguyễn, nhưng cả 5 lần sau khi đánh bại quân nhà Nguyễn, quân Tây Sơn lại rút về, chỉ để lại một bộ phận quân đồn trú đóng ở các dinh trấn lớn như Trấn Biên (Biên Hoà), Phiên Trấn (Gia Định), Long Hồ (Vĩnh Long), thực hiện một kiểu “quân quản” nhằm đề phòng quân Nguyễn chiếm lại, chứ tuyệt nhiên không tiến hành bất cứ một cuộc cải cách chính trị, kinh tế, xã hội nào. Dường như ở đây, Tây Sơn chưa hề thiết lập được một hệ thống chính quyền xuống đến tận cơ sở, càng không hề đụng chạm đến quyền chiếm hữu ruộng đất của giai cấp đại điền chủ ở đây-mà theo Lê Quý Đôn thì mỗi địa phương ở Gia Định lúc bấy giờ có đến 40, 50 điền chủ, mỗi điền chủ nắm trong tay 300, 400 trâu bò, 300, 400 điền nô. Do đó có thể nói quân Tây Sơn chưa hề đem lại quyền lợi gì cho nông dân ở đây-trước hết là quyền lợi về ruộng đất, ngược lại giai cấp đại điền chủ trước sau vẫn an như bàn thạch, và chính tầng lớp xã hội này lại là chỗ dựa vững mạnh về kinh tế và quân sự của tập đoàn Nguyễn Ánh trong việc chống lại và cuối cùng đánh bại nhà Tây Sơn.

Một hạn chế quan trọng nữa là trong quá trình của cuộc đấu tranh chống phong kiến, đã diễn ra sự thay đổi quan trọng nếu không nói là thoái hoá biến chất trong hàng ngũ các lãnh tụ và tướng lĩnh nghĩa quân Tây Sơn. Thường thường sau khi quân khởi nghĩa chiếm được một vùng đất nào, anh em Tây Sơn liền trao cho các tướng lĩnh cai quản vùng đất chiếm được ấy. Tại đây, họ lại bắt nhân dân đóng góp nhân, vật, tài lực-họ lại thu thuế. Những khoản thu đó không chỉ để nuôi dưỡng quân khởi nghĩa và tổ chức các cuộc hành quân mới, mà còn làm giàu cho các lãnh tụ, tướng lĩnh cùng với những người thân cận. Dần dần các lãnh tụ và các tướng lĩnh của cuộc khởi nghĩa đi vào con đường phong kiến hoá. Và quá trình đó đã được định hình khi mà cả ba anh em Tây Sơn đều tự phong cho mình những chức danh của chính quyền phong kiến và bắt đầu ban phát bổng lộc phong kiến cho đám quan lại và thân tộc của mình. Sử liệu cho biết ở thời Tây Sơn, nhà nước vẫn chủ trương ban cấp ruộng đất cho quan lại theo hình thức ngụ lộc, biệt thực. Hình thức ban cấp một hai xã làm ngụ lộc cũng được duy trì. Lấy thí dụ vua Quang Trung đã từng cấp cho Nguyễn Thiếp một xã để ăn lộc, cấp cho mẹ của công chúa Ngọc Hân - Bắc cung hoàng hậu của Quang Trung-30 mẫu ruộng lộc, cấp cho Phan Huy Ích 30 mẫu ruộng quan lộc, cấp cho Nguyễn Đề - em Nguyễn Du-làm quan cho Tây Sơn, 40 mẫu ruộng lộc…