Có ba khó khăn chính đối với sự phát triển kinh tế ở Nhật Bản:

- Một là, lãnh thổ Nhật Bản không rộng, tài nguyên khoáng sản rất nghèo nàn, nền công nghiệp của Nhật Bản hầu như phụ thuộc vào các nguồn nguyên, nhiên liệu nhập khẩu từ bên ngoài.

- Hai là, cơ cấu cùng kinh tế của Nhật Bản thiếu cân đối, tập trung chủ yếu vào ba trung tâm là Tôkiô, Ôxaca và Nagôia, giữa công nghiệp và nông nghiệp cũng có sự mất cân đối.

- Ba là, Nhật Bản luôn gặp sự cạnh tranh quyết liệt của Mĩ, Tây Âu, các nước công nghiệp mới, Trung Quốc…

* Thuận lợi:

- Vị trí địa lí:

+ Nằm ở Đông Á, gần Trung Quốc, Hàn Quốc, Triều Tiên và các nước Đông Nam Á- khu vực có nền kinh tế phát triển năng động giúp cho Nhật Bản có điều kiện giao lưu, buôn bán, mở rộng thị trường.

+ Cả 4 mặt đều giáp biển tạo điều kiện thuận lợi để phát triển các ngành kinh tế biển: đánh bắt và nuôi trồng thủy hải sản, giao thông vận tải biển, du lịch biển và khai thác khoáng sản biển.

- Địa hình: Có một số đồng bằng nhỏ, đất đai màu mỡ giúp để phát triển nông nghiệp.

- Bờ biển khúc khuỷu, bị chia cắt mạnh tạo thành nhiều vũng, vịnh thuận lợi để xây dựng các cảng biển. Tại các vùng biển quanh quần đảo Nhật Bản, nơi các dòng biển nóng và lạnh gặp nhau, tạo nên ngư trường lớn với nhiều loài cá (cá ngừ, cá thu, cá mòi, các trích,...) giúp phát triển ngành khai thác thủy sản.

- Khí hậu: Nằm trong khu vực khí hậu gió mùa, mưa nhiều. Phía Bắc có khí hậu ôn đới, phía nam có khí hậu cận nhiệt đới tạo điều kiện để đa dang hóa cơ cấu cây trồng và vật nuôi.

- Sông ngòi: Chủ yếu là sông nhỏ, ngắn, dốc tạo nên tiềm năng thủy điện lớn.

- Khoáng sản: Có một số loại khoáng sản để phát triển công nghiệp như than đá, đồng, dầu mỏ, vàng...

* Khó khăn:

- Địa hình chủ yếu là núi, đồng bằng nhỏ, hẹp nên thiếu đất nông nghiệp.

Trên lãnh thổ có hơn 80 núi lửa đang hoạt động, mỗi năm có hàng nghìn trận động đất lớn, nhỏ gây ra nhiều thiệt hại về người và của.

- Thiên tai: bão, sóng thần,... 

- Nghèo khoáng sản. -> Thiếu nguyên liệu cho phát triển công nghiệp