Bi nói đúng.

Gọi giá tiền của mỗi cây bút chì, mỗi cây bút bi, mỗi quyển tập lần lượt
là x, y, z( x, y, z ∈ N* )
Tổng số tiền bạn Bình phải trả là: 3x+6y+9z= 3.( x+2y+3z ) 
Vì x, y, z ∈ N* nên 
x+ 2y+ 3z ∈ N* và số tiền phải trả là 3.(x+2y +3z )  nên
ta có: số tiền bạn Bình phải trả là số chia hết cho 3.
Theo đề bài, bạn Bình đã trả 35.000 đồng.
Mà 35.000 đồng không chia hết cho 3.
Vậy bạn Bình nói đúng, chị bán hàng đã tính nhầm.