Hoạt động của nghĩa quân Yên Thế chia làm 4 giai đoạn:

* Giai đoạn thứ nhất, từ 1884 - 1892:

- Tại vùng Yên Thế có hàng chục toán quân chống Pháp hoạt động riêng lẻ, đặt dưới sự chỉ huy của các thủ lĩnh khác nhau, thủ lĩnh có uy tín nhất lúc đó là Đề Nắm.

- Năm 1891, nghĩa quân của Đề Nắm làm chủ một vùng rộng lớn và mở rộng hoạt động sang Phủ Lạng Thương (vùng thành phố Bắc Giang ngày nay).

- Tháng 3-1892, Pháp huy động quân, ồ ạt tấn công vào căn cứ của nghĩa quân. Lực lượng nghĩa quân bị tổn thất nặng, nhiều người bị địch bắt và giết hại, một số phải ra hàng.

* Giai đoạn thứ hai, từ 1893 - 1897:

- Sau khi Đề Nắm hi sinh, Hoàng Hoa Thám (Đề Thám) tập hợp những toán quân binh còn sót lại, mở rộng địa bàn hoạt động.

- Trong bối cảnh khó khăn, Đề Thám phải giảng hòa với Pháp để có thời gian củng cố lực lượng.

- Tháng 10-1894, theo thỏa thuận giữa hai bên, quân Pháp rút khỏi Yên Thế, Đề Thám được cai quản bốn tổng: Yên Lễ, Mục Sơn, Nhã Nam, Hữu Thượng. Nhưng sau đó Pháp bội  ước, tổ chức tấn công lại (11-1895). Nghĩa quân phải chia nhỏ thành từng toán, trà trộn vào dân để hoạt động.

- Nhằm bảo toàn lực lượng, Đề Thám xin giảng hòa lần thứ hai (12-1897). Bề ngoài, Đề Thám tỏ ra phục tùng, nhưng bên trong thì ngấm ngầm chuẩn bị lực lượng chống Pháp.

* Giai đoạn thứ ba từ 1898 - 1908:

- Tranh thủ thời gian hòa hoãn, Đề Thám cho nghĩa quân vừa sản xuất, vừa tích cực luyện tập quân sự chuẩn bị chiến đấu.

- Căn cứ Yên Thế trở thành nơi tụ hội của những nghĩa sĩ yêu nước từ khắp nơi kéo về (từ Hà Tĩnh, Nghệ An, Thanh Hóa, Hưng Yên, Hải Dương…)

* Giai đoạn thứ tư từ 1909 - 1913:

- Nội năm 1908, thực dân Pháp mở cuộc tấn công nhằm tiêu diệt bằng được phong trào nông dân Yên Thế.