Để làm biến đổi hệ gen của một sinh vật, người ta có thể tiến hành theo 3 cách sau:

- Đưa thêm một gen lạ (thường là gen của một loài khác) vào hệ gen. Sinh vật có được gen của loài khác bằng cách này được gọi là sinh vật chuyển gen.

- Làm biến đổi một gen đã có sẵn trong hệ gen. Một gen nào đó của sinh vật có thể được làm biến đổi cho nó sản xuất nhiều sản phẩm hơn hoặc làm cho nó được biểu hiện một cách khác thường.(ví dụ, biểu hiện ở những mô mà bình thường nó không được biểu hiện).

- Loại bỏ hoặc làm bất hoạt một gen nào đó không mong muốn trong hệ gen. Ví dụ, cà chua biến đổi gen có gen làm chín quả bị bất hoạt, vì thế quả cà chua có thể vận chuyển đi xa hoặc bảo quản lâu dài.