Trường Phú Mỹ trước năm 1975 là một trường cấp 1, sau giải phóng 1975 vài năm sau trường Phú Mỹ chuyển lên thành trường cấp 1, 2 (Trường hệ B) tọa lạc tại số 9 Mê Linh – Phường 19 – Quận Bình Thạnh.

          Trường Trung học cơ sở công lập Phú Mỹ được thành lập vào tháng 8 năm 1998 theo Công văn số 1111/GDĐT/KH–TC ngày 11/ 08/ 1998 của Giám đốc Sở Giáo dục - Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh và Quyết định số 503 / QĐ – UB 19 / 03 / 1999 của UBND Quận Bình Thạnh trên cơ sở chuyển dời địa điểm cũ được giải tỏa của trường trung học cơ sở bán công Phú Mỹ ở số 09 Mê Linh, Phường 19, Quận Bình Thạnh và sát nhập 3 trường: Trường trung học cơ sở bán công Phú Mỹ, Trường trung học cơ sở Phù Đổng cùng với Trường trung học phổ thông Gia Định (bậc Trung học cơ sở), năm học 2000 – 2001 trường Phú Mỹ đào tạo đồng thời 2 hệ A và B, đến năm học 2001 – 2002 trường THCS Phú Mỹ chuyên hệ A cho đến nay.

 

          Trường THCS Phú Mỹ với đội ngũ Giáo viên có tâm huyết, tận tâm với nghề, yêu trẻ và trình độ chuyên môn cao, tỉ lệ học sinh đậu tốt nghiệp, trúng tuyển vào lớp 10 luôn đạt thành tích cao trong quận. Nhiều năm liên tục nhà trường luôn giữ vững danh hiệu thi đua "Tập thể lao động xuất sắc, Công Đoàn - Chi Đoàn vững mạnh xuất sắc, Liên Đội xuất sắc. Năm 2011, nhà trường vinh dự được trao tặng Bằng khen của Bộ GD&ĐT và của Thủ tướng Chính phủ. Năm học 2016 - 2017, Trường được nhận Giấy chứng nhận kiểm định chất lượng giáo dục cấp độ 1.