Hành chính Đại Việt thời Trần hoàn thiện hơn so với thời Lý. Sau khi giành được chính quyền, nhà Trần đã phân chia lại Đại Việt thành 12 lộ thay vì 24 lộ như ở thời Lý. Bộ máy hành chính được củng cố theo hướng tăng tính tập quyền quan liêu. Các quan được cấp lương bổng theo ngạch, bậc; cứ 10 năm thăng tước một cấp, 15 thăng tước một bậc.Trung khu[sửa | sửa mã nguồn]

Nền hành chính của Đại Việt thời Trần ở cấp trung ương có bộ phận trung khu đứng đầu. Chức cao nhất ở trung khu là các chức quan hàng tướng quốc và tam thái: thái sư, thái phó, thái bảo. Phần lớn suốt thời gian nhà Trần cầm quyền, các chức quan cao hàng tam thái do các thân vương nắm giữ[1].

Tiếp đến là các chức quan hàng tam thiếu: thiếu sư, thiếu phó, thiếu bảo. Sau đó đến tam tư: tư đồ, tư mã, tư không. Trần Thủ Độ, Trần Quang Khải là những người được các vua Trần bổ nhiệm là thái sư. Trần Nguyên Trác được bổ nhiệm làm tả tướng quốc. Trần Văn Bích được bổ nhiệm làm thái bảo (phụ quốc thái bảo).

Giúp việc cho các quan đứng đầu trung khu là các ban hành khiển và khu mật viện. Hành khiển lại chia làm tả hành khiển đóng ở Thăng Long và hữu hành khiển đóng ở hành cung Tức Mặc (quê của họ Trần, thuộc thành phố Nam Định ngày nay). Ban hành khiển sau được đổi tên thành môn hạ sảnh. Đứng đầu ban hành khiển là chức Nhập nội hành khiển đồng trung thư môn hạ sảnh bình chương sự. Ban đầu, người của hành khiển chỉ gồm hoạn quan. Sang thế kỷ 14, nhà Trần bắt đầu tuyển dùng các nhà nho như Nguyễn Trung Ngạn, Lê Cư Nhân.

Việc chia trung khu gồm Tể tướng, quan chức ở Khu mật viện, Hành khiển môn hạ sảnh tách khỏi và đứng trên cơ quan chức năng. Đây là bước phát triển trong kết cấu và cơ chế bộ máy nhà nước thời Trần[1].

Thời Trần, có 6 thượng thư sảnh tương đương với lục bộ, quản lý các công việc hành chính, tổ chức, ngoại giao, tín ngưỡng, tài chính ngân sách, quân sự, ty pháp. Đứng đầu thượng thư sảnh là chức thượng thư hành khiển và thương thư hữu bật. Dưới các chức này là chức thị lang, lang trung. Các thượng thư sảnh luôn được củng cố, càng về sau càng dùng nhiều nhân sỹ nho giáo.

Bên cạnh 6 thượng thư sảnh là hàn lâm viện phụ trách các công việc văn phòng của triều đình. Người của hàn lâm viện gọi là học sĩ với nhiều cấp (chức) khác nhau.

Các ban, ngành khác là Ngự sử đài, Đăng văn kiểm sát viện là các cơ quan thanh tra, giám sát. Có Quốc sử viện phụ trách công việc biên soạn quốc sử mà người đầu tiên phụ trách Quốc sử viện là Lê Văn Hưu. Có Quốc tử viện là nơi giáo dục các vương tử nhà Trần. Có Thái y viện chăm sóc sức khỏe cho hoàng tộc.