Tuy nhiên, phân chuồng trước khi sử dụng phải được ủ hoai nếu không sẽ có tác dụng ngược lại. Bởi vì trong phân chuồng tươi còn có nhiều hạt cỏ dại, nhiều ấu trùng, nhiều bào tử ngủ nghỉ của nấm, xạ khuẩn, vi khuẩn. Hơn nữa còn có nhiều tuyến trùng gây bệnh

Phân chuồng trước khi sử dụng phải được ủ hoai nếu không sẽ có tác dụng ngược lại. Bởi vì trong phân chuồng tươi còn có nhiều hạt cỏ dại, nhiều ấu trùng, nhiều bào tử ngủ nghỉ của nấm, xạ khuẩn, vi khuẩn. Hơn nữa còn có nhiều tuyến trùng gây bệnh. Ủ phân với mục đích sử dụng nhiệt độ tương đối cao trong quá trình phân hủy chất hữu cơ để tiêu diệt hạt cỏ dại và mầm mống côn trùng, bệnh cây. Vừa thúc đẩy quá trình phân hủy chất hữu cơ. Đẩy nhanh quá trình khoáng hóa để khi bón vào đất phân hữu cơ. Có thể nhanh chóng cung cấp chất dinh dưỡng cho cây.