Các nhà chọn giống thường gặp rất nhiều trở ngại trong việc duy trì các dòng thuần chủng vì khi duy trì giống thuần nhiều gen lặn có hại có điều kiện ở vào trạng thái đồng hợp tử biểu hiện ra kiểu hình làm cho các cá thể sinh vật bị giảm sức sống, giảm khả năng sinh sản thậm chí chết.