Hậu quả của việc lạm dụng kháng sinh trong chăn nuôi có thể phá vỡ cân bằng tự nhiên của hệ vi sinh vật đường ruột gây rối loạn quá trình tiêu hóa. Mối nguy chính của lạm dụng kháng sinh trong chăn nuôi chính là sự đề kháng kháng sinh của vi khuẩn. Bất cứ kháng sinh nào dùng để chữa bệnh cho người và động vật, nếu còn tồn dư một lượng dù nhỏ nhất cũng có thể gây kháng thuốc của E.Coli. Khi E.Coli đã kháng thuốc thì nó có thể truyền plasmid kháng thuốc của nó cho các loại vi khuẩn gây bệnh khác sống trong đường ruột.

Việc lạm dụng kháng sinh trong phòng và trị bệnh sẽ gây tồn dư với lượng quá mức cho phép và ảnh hưởng đến sức khỏe người tiêu dùng. Điển hình có Cloramphenicol là loại kháng sinh cấm sử dụng trên thế giới do gây thiếu máu suy tủy, ở những cá thể đặc ứng do di truyền có thể dẫn đến tử vong.