Nông nghiệp có vai trò thứ yếu trong nền kinh tế Nhật Bản. Tỉ trọng của nông nghiệp trong GDP chỉ chiếm khoảng 1%.

- Diện tích đất nông nghiệp chỉ chiếm khoảng 14% lãnh thổ.

- Nông nghiệp phát triển theo hướng thâm canh, ứng dụng nhanh tiến bộ KH-KT và công  nghệ hiện đại để tăng năng suất và chất lượng nông sản.

- Các ngành:

+ Trồng trọt: lúa gạo là cây trồng chính (50% diện tích); ngoài ra có chè, thuốc lá, dâu tằm…

+ Chăn nuôi: tương đối phát triển, hình thức chăn nuôi trang trại với phương pháp tiên tiến (bò, lơn, gà).

+ Thủy sản: sản lượng đánh bắt lớn (cá thu,cá ngừ, tôm, cua); nuôi trồng được chú trọng phát triển.