Bộ NST của ruồi giấm (2n = 8): có 8 NST chia thành 4 cặp tương đồng, NST có 4 loại hình dạng là hình hạt, hình que, hình chữ V và hình móc. Ruồi cái có cặp NST giới tính XX, ruồi đực có cặp NST giới tính XY; NST giới tính X có hình que, NST giới tính Y có hình móc.