Ở trung ương, Minh Mệnh cải tổ, xây dựng các cơ quan của nhà nước theo hình thức mới như Văn thư phòng chuyển thành Nội Các, xây dựng Viện Cơ Mật, hoàn thiện bộ máy Lục Bộ (Lại, Hộ, Lễ, Binh, Hình, Công), Lục Tự (Đại Lý, Thái Thường, Quang Lộc, Thượng Bảo, Thái Bảo, Hồng Lô) và các cơ quan giúp việc quản lý, điều hành trên toàn quốc.

 

Đối với địa phương, Minh Mạng tiến hành cải cách bộ máy hành chính nhằm thực hiện một chế độ trung ương tập quyền triệt để, không phân cấp quản lý cho các Thành như dưới thời Gia Long.

 

Dưới thời Gia Long, bộ máy hành chính địa phương gần như giữ nguyên theo cách tổ chức cũ của các chúa Nguyễn ở miền Nam và của triều Lê - Trịnh ở miền Bắc. Toàn bộ đất nước được chia làm 23 doanh, trấn. Trong đó, miền Trung và miền Nam chia thành các doanh, là đơn vị hành chính có từ thời các chúa Nguyễn. Ở miền Bắc vẫn giữ nguyên các đơn vị hành chính dưới triều Lê - Trịnh là trấn. Đứng đầu mỗi doanh là lưu thủ, có các chức cai bạ, ký lục giúp việc. Đứng đầu mỗi trấn là Trấn thủ có các chức hiệp trấn, tham hiệp giúp việc.

 

Mỗi trấn, doanh gồm nhiều phủ, mỗi phủ chia thành từ 4 đến 7 huyện, mỗi huyện chia thành 8 đến 14, 15 xã. Mỗi phủ có tri phủ, mỗi huyện có tri huyện, tại mỗi xã có xã trưởng giữ việc cai trị.

 

Trong 27 doanh, trấn cả nước, Gia Long phân chia địa hạt quản lý như sau: Triều đình trung ương trực tiếp nắm đất Kinh kỳ gồm 4 dinh (doanh): Quảng Bình, Quảng Trị, Quảng Đức, Quảng Nam và 7 trấn là Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Bình Khương.

 

Ngoài ra Gia Long còn thiết lập hai thành: Bắc Thành và Gia Định Thành. Bắc Thành lại chia làm 5 nội trấn là Sơn Nam thượng, Sơn Nam hạ, Kinh Bắc, Sơn Tây, Hải Dương và 6 ngoại trấn là: Thái Nguyên, Lạng Sơn, Tuyên Quang, Cao Bằng, An Quảng, Hưng Hóa. Gia Định Thành bao gồm 5 trấn là: Phiên An, Biên Hòa, Vĩnh Thanh, Định Tường và Hà Tiên.

 

Dưới thời Gia Long, Quảng Bình là một doanh thuộc đất Kinh kỳ chịu sự quản lý trực tiếp của triều đình trung ương.

 

Cách tổ chức bộ máy hành chính dưới thời Gia Long bộc lộ tính phân quyền trong quản lý, lỏng lẻo trong thiết chế, đơn giản trong tổ chức đòi hỏi phải có cải cách hành chính để thiết lập một bộ máy hành chính có tổ chức chặt chẽ hơn.

 

Năm 1822, Minh Mạng cho đổi dinh Quảng Đức thành phủ Thừa Thiên giao cho một viên Kinh thành Đề đốc trông coi.