Bên cạnh những kết quả đạt được, quá trình thực hiện cuộc vận động vẫn còn những hạn chế cần quan tâm khắc phục như: Cuộc vận động diễn ra chưa đồng đều ở các địa phương, cơ sở; quyết tâm của một số cấp ủy, chính quyền, Mặt trận và Ban vận động chưa cao. Kết quả vận động ở nhiều địa phương, cơ sở chưa tương xứng với tiềm năng, còn nhiều doanh nghiệp chưa tham gia ủng hộ Quỹ "Vì người nghèo". Công tác tuyên truyền, vận động thiếu thường xuyên, từ đó chưa huy động được các nguồn lực ủng hộ cho Quỹ "Vì người nghèo". Tỷ lệ hộ nghèo cả nước đến đầu năm 2009 còn 12,1%; hiện vẫn còn 62 huyện có tỷ lệ hộ nghèo hơn 40%; số hộ cận nghèo trong cả nước còn rất nhiều và gần 500 nghìn hộ nghèo đang ở nhà dột nát, cần được quan tâm giúp đỡ.