Gây độc hại cho nguồn nước, cho đất bởi thuốc trừ sâu, N03-, do đó tác động xấu đến sức khoẻ con người, động vật hoang dại và suy thoái các hệ sinh thái.

- Gây nhiễm độc lương thực, thực phẩm thức ăn cho gia súc bởi dư lượng thuốc trừ sâu, NO3- và chất kích thích sinh trưởng.

- Gây xói mòn đất, giảm độ phì của đất do xu hướng sử dụng nhiều phân bón hoá học thay cho phân hữu cơ.

- Gây mặn hoá thứ sinh do tưới tiêu không hợp lý.

- Gây ô nhiễm không khí do sự khuyếch tán của HCBVTV.

- Chặt phá rừng, mở rộng diện tích canh tác gây suy thoái nguồn nước ngầm, làm mất dần và có nguy cơ tuyệt chủng nhiều loài động vật hoang dã.

- Xu thế tiêu chuẩn hoá, chuyên canh hoá tập trung vào một số giống cây, con mới đồng nhất về di truyền trong nông nghiệp dẫn đến sự thay thế dần và biến mất những giống loài truyền thống – cơ sở di truyền để cải tạo giống là nguồn gen dự trữ quan trọng trong tương lai.